Ngày 26 tháng mười vừa qua, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 205/2009/TT-BTC Hướng dẫn thủ tục hoàn thuế GTGT đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dụng, nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm nằm trong dây chuyền công nghệ thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định (TSCĐ) của doanh nghiệp.

Theo Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 thì doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại tỉnh, thành phố khác với tỉnh thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang đầu tư chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dựa án đầu tư. Doanh nghiệp phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này.

Nay Thông tư số 205 hướng dẫn bổ sung thêm: doanh nghiệp đang hoạt động có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại tỉnh, thành phố khác với tỉnh thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế; nhập khẩu thiết bị thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dụng, nguyên liệu, vật tư, bán thành phẩm (sau đây gọi tắt là máy móc, vật tư) nằm trong dây chuyền công nghệ thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo TSCĐ thì áp dụng hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Thông tư này nếu đáp ứng đủ các điều kiện sau:

- Doanh nghiệp đã đăng ký kinh doanh, có con dấu, kế toán theo Luật kế toán, có tài khoản tiền gửi ngân hàng theo mã số thuế của doanh nghiệp;

- Có số thuế GTGT phải nộp tại khâu nhập khẩu đối với máy móc, vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo TSCĐ từ 200 triệu đồng trở lên;

- Dự án đầu tư thuộc loại dự án quan trọng do Quốc hội xem xét hoặc dự án thuộc nhóm A theo Điều 2 Nghị định 12/2009/NĐ-CP ngày 12/2/2009;

- Dự án đầu tư sản xuất hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT hoặc vừa chịu thuế GTGT vừa không chịu thuế GTGT.

Hồ sơ hoàn thuế GTGT

● Văn bản đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 01/HTBT ban hành kèm theo Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007, trong đó ghi lý do là hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu của thiết bị, … để tạo TSCĐ, trong hồ sơ chưa có chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu. (Đây là điểm mới của Thông tư 205, như vậy Thông tư này cho phép doanh nghiệp với các điều kiện nêu trên được lập hồ sơ hoàn thuế ngay từ lúc chưa có chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu – Hướng dẫn mới này giúp doanh nghiệp rút ngắn được thời gian hoàn thuế, vì nếu được bảo lãnh thì doanh nghiệp nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu sau 30 ngày kể từ ngày đăng ký Tờ khai hải quan).

●Bảng kê khai tổng hợp số thuế GTGT hàng nhập khẩu phát sinh của các tờ khai hải quan đã đóng dấu xác nhận của cơ quan hải quan theo mẫu số 01-1-HTBT, trong đó:

- Chỉ tiêu “Số thuế đầu vào được khấu trừ” và chỉ tiêu “Số thuế đầu vào lớn hơn số thuế đầu ra đề nghị được hoàn lại” ghi số thuế GTGT phát sinh;

- Chỉ tiêu “Số thuế phát sinh đầu ra” không ghi và gạch chéo;

- Chỉ tiêu “Số thuế đã nộp” ghi “nợ chứng từ nộp thuế GTGT “không nhập khẩu”.

● Bảng kê các tờ khai hải quan đóng dấu xác nhận của cơ quan hải quan theo mẫu số 01-2/GTGT, trong đó ghi rõ gửi văn bản đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 01/HTBT và:

- Chỉ tiêu “Ký hiệu hóa đơn” thay bằng “Ký hiệu tờ khai” hải quan;

- Chỉ tiêu “Số hóa đơn” thay bằng “Số tờ khai” hải quan;

- Chỉ tiêu “Ngày, tháng, năm phát hành” thay bằng “Ngày đăng ký tờ khai” hải quan;

- Cột ghi chú rõ là “Nợ chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu”.

Trong thời gian tối đa 15 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế thông báo cho doanh nghiệp biết kết quả kiểm tra xác định hồ sơ hoàn thuế đã đủ điều kiện hoàn và yêu cầu doanh nghiệp nộp chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu để ra quyết định hoàn thuế. Trong vòng 3 ngày làm việc kể từ khi nhận được chứng từ nộp thuế, cơ quan thuế ra quyết định hoàn thuế.

Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký (tức hiệu lực từ ngày 10/12/2009).